Lilleoru Põhikooli arengusse on aktiivselt kaasatud õpilased, nende vanemad, koolitöötajad ja toetajad, lisaks erinevate erialade eksperdid ja välisvabatahtlikud. 

Kooli arenguks on moodustatud 4 töögruppi, kuhu kuuluvad põhikooli tiimi liikmed, põhikoolis õppivate laste vanemad,  MTÜ Lilleoru liikmed ja mitmed teised haridusvaldkonna asjatundjad:

• Lillleoru Põhikooli nõukogu.
• Lilleoru Põhikooli arengugrupp. Kooli pikemaaegsed perspektiivid ja ruumilahendused.
  
• Kooli fondi töögrupp. Töögrupp loodi, et tuua Lilleoru Põhikooli andekaid, ettevõtlikke ja omanäolisi külalisi, soetada huvi- ja õppetegevuseks vajalikku inventari, toetada laste algatatud pilootprojekte ja ettevõtlikkust. Põhikooli fondi vastutusalad ja tegevused:  fondi heaperemehelik haldamine;  kooli arengut toetavate algatuste ja projektide nii algatamine kui elluviimise koordineerimine; vabatahtlike annetuste kogumine; tuluürituste korraldamine; fondi olemasolu ja tegevuse järjepidev propageerimine.
• Kommunikatsioonigrupp